Jedním z nejvýraznějších prvků modernizace úseku bude nová stanice Praha-Bubny, která vznikne za Negrelliho viaduktem a bude propojena podzemním vestibulem se stanicí metra C Vltavská. Architektonické ztvárnění nádraží se třemi nástupišti a čtyřmi kolejemi má na starosti studio Jakub Cigler Architekti.

Nejprve půjde o jednu budovu, na jejíž střeše bude travnatá odpočinková plocha s výhledem. Později by spolu s výstavbou nové čtvrti v okolí měla přímo nad nádražím přibýt administrativní budova, přičemž nádražní vestibuly by měly najít i komerční využití. Nádraží by se podle starosty Prahy 7 Jana Čižinského mělo stát spolu s budovou pražské filharmonie přirozeným centrem nové čtvrti a zároveň i hlavním bodem její dopravní obslužnosti.