Stavba nádraží Praha-Bubny započala v roce 1866 z potřeby propojit nádraží Praha-Dejvice přes Negrelliho viadukt na dnešní Masarykovo nádraží. Nádraží bylo v provozu již o dva roky později a v letech 1869–1873 ho obklopily dalších technické budovy (velké depo včetně lakovny, pily a rozsáhlé dílny). Řada z těchto doprovodných objektů byla využívána až do roku 2013. Po neúspěšných pokusech o památkovou ochranu byly stavby kromě nádražní budovy a budovy vodárny na podzim roku 2015 odstraněny. Samotné nádraží ukončilo provoz v roce 2022.

V roce 1941 bylo v nedalekém objektu Radiotrhu Pražských vzorkových veletrhů (na místě dnešního hotelu Mama Shelter) zřízeno shromaždiště židovských obyvatel, kteří obdrželi předvolání k nástupu do transportu. Místo bylo vybráno právě pro svou blízkou polohu k nádraží. První transport odjel z nádraží Praha-Bubny 16. října 1941 do ghetta v Lodži. Následovalo 70 transportů, kterými bylo deportováno téměř padesát tisíc československých Židů a osob označovaných norimberskými zákony za Židy do ghett v Lodži a v Terezíně. Poslední transport odjel v lednu 1945.

V březnu 2015 byla díky iniciativě obecně prospěšné společnosti Památník šoa Praha vedle budovy nádraží odhalena umělecká instalace Brána nenávratna od sochaře Aleše Veselého, která se stala monumentálním symbolem připomínajícím temnou historii tohoto místa. Památník šoa usiloval o transformaci nádraží na místo paměti, které by připomínalo historické události. V roce 2017 vyšel ze soutěže vítězně architektonický návrh královéhradeckého ARN Studia. Ministerstvo kultury ČR zřídilo v roce 2021 příspěvkovou organizaci Památník ticha s cílem realizovat rekonstrukci budovy nádraží. Na přelomu let 2024 a 2025 došlo k přejmenování organizace na Centrum paměti a dialogu Bubny a v létě 2025 se započalo s rekonstrukcí. Posláním příspěvkové organizace je uchovávat paměť obětí holocaustu a vytvořit živé místo, které spojuje minulost s přítomností prostřednictvím vzdělávacích a kulturních programů.