Novostavba budovy Nádraží Praha-Bubny je součástí plánované železniční rychlodráhy na letiště Václava Havla. První etapa stavby zahrnuje úsek od Negrelliho viaduktu k Nádraží Praha-Bubny a dále přes estakádu do nové zastávky Praha-Výstaviště.

Prostorové řešení železničního nádraží Praha-Bubny určují tratě směrem na Letiště a do Kralup, výškové řešení vychází z požadavků mimoúrovňového křížení navazujících estakád s ulicí Bubenskou a napojení na Negrelliho viadukt. Železniční nádraží je navrženo se dvěma vestibuly (jižním a severním) a podchodem ve středu objektu.

Projekt samotného železničního nádraží Praha-Bubny vychází koncepčně z DUR. Diskusi o úpravě návrhu vyvolala zejména nová urbanistická studie celého přilehlého rozvojového území Bubny – Zátory (autoři Thomas Müller Ivan Reimann Architekten a Pelčák a partner architekti), která v oblasti stanice metra Vltavská definuje nové významné městské prostory. Jedná se zejména o budovu Vltavské filharmonie v jižním předpolí nádraží, náměstí podél celé východní hrany a památník Ticha v severní části území pracující s původní historickou budovou nádraží Praha Bubny. Nové nádraží se spolu s filharmonií stanou přirozeným centrem nově vznikající čtvrti, která propojí dolní Holešovice s Letnou.

Zásadním novým požadavkem pro úpravu návrhu bylo připravit halové přestřešení nástupišť takovým způsobem, aby tato konstrukce umožnila budoucí výstavbu nad samotným kolejištěm. Hmotové řešení objektu je tak v čase rozděleno do dvou etap. Fáze tzv. uvedení do provozu, kdy samotné nádraží provozně funguje, ale nejsou aktivována propojení a vazby do všech směrů v území a budoucí fáze 2, kdy dojde bez významného omezení provozu k výstavbě samotného objektu nad kolejištěm a podél západní hrany nádraží. Funkce tohoto objektu je uvažována jako administrativní, doplněná obchodními plochami v přízemí. Budoucí objekt může být v části severního vestibulu (1PP) propojen podzemní pasáží s novým vestibulem stanice metra Vltavská. Výrazným architektonickým prvkem budovy nádraží bude podloubí podél celé východní hrany směrem do nového náměstí, které svým „vysokým řádem“ odkazuje na tradici nádraží jako významné veřejné budovy v území.

Vestibuly jsou koncipovány jako jednoduchý přehledný prostor půdorysně podřízený hlavním komunikačním koridorům mezi vstupy a nástupišti. Tyto pěší koridory budou lemovány obchodními jednotkami. Jižní a stejně tak severní vestibul je s nástupišti propojen trojicí pevných schodišť, čtveřicí eskalátorů a pro bezbariérový přístup jsou v každém vestibulu navrženy tři výtahy. V severním vestibulu je umístěn hlavní technologický blok ŽST. Podchod střed ve stavu uvedení do provozu slouží pouze jako přístupová komunikace k nástupištím a je stavebně připraven na budoucí doplnění technologických a obchodních prostorů. Podchod je s nástupišti propojen třemi schodišti.

V první etapě je střecha nádraží nad jižním vestibulem navržena jako vyhlídková terasa. Přístupná je čtyřramenným schodištěm z prvního nástupiště a vzhledem k tomu, že nádraží bude první budovou v transformačním území, může se terasa stát infopointem s vyhlídkou na město a okolní vznikající čtvrť. Pochozí část je navržena jako dřevěná paluba, ve středu terasy je situována pohledová zelená střecha s prvky intenzivní zeleně.