Radikální přeměna vltavských břehů a zátok do dnešní podoby se však vyhnula  dvěma velkým pražským přístavům - holešovickému a libeňskému. Oba byly postaveny na konci 19. století,  a jsou téměř jedinými objekty, které si v průběhu sto let trvajících změn zachovávaly svojí polohu. Vltava byla v té době hlavní spojnicí Prahy, potažmo celých Čech s mořem, a tak se po ní plavila velká část zahraničního zboží, které končilo právě v pražských přístavech (většinou v tom holešovickém, který sloužil i jako překladiště) a dále pokračovalo po železnici do zbytku Čech.

Během 2. poloviny 20. století význam mezinárodní dopravy na českých řekách postupně upadal a s ním také důležitost obou přístavů. V současné době zde probíhá výstavba developerských projektů Marina Island na místě bývalých překladišť holešovického přístavu a DOCK u libeňské zátoky. Přístavní zátoky v Holešovicích a Libni tak nyní slouží soukromým lodím, v té holešovické například dlouhodobě kotví unikátní hausbót PORT X.

Na obou mapách je holešovický přístav patrný jako zátoka v nejzápadnější části vltavského meandru, zatímco libeňský přístav tvoří dvě menší zátoky v nejvýchodnějším úseku zákrutu řeky.